Впервые Марфино упоминается в межевой книге за 1560 год как пустошь. Как деревня Марфино первый раз упомянута в грамоте царя Михаила Федоровича:«19 сентября 1619 года Марфино вместе с селом Владыкино даруется в вечное потомственное владение Дмитрия Михайловича Пожарского за мужество и верность престолу» (Собрание государственных грамот и договоров). Появление сельца Марфино связано с деятельностью Богоявленского монастыря. Именно на его землях и появляется сельцо под названием Марфино. Марфино принадлежало монастырю вплоть до 1764 года, пока Екатерина Вторая не забирает в казну все монастырские земли. Со второй половины ХVIII века в Марфино появляется надомное ткацкое производство. В XIX веке деревушка Марфино принадлежала графу Панину. Часть земель, окружающих его, принадлежала Богоявленскому монастырю. На этих землях высился красивый декоративный лес, но монастырское начальство распорядилось вырубить его. Жители сельца Марфино были в приходе церкви села Владыкина. Марфинские дети посещали церковно-приходскую школу в этом селе.
24 октября 1885 года в Марфино был открыт Александро-Марфинский детский приют с начальной школой, созданный и действовавший на деньги Богоявленского монастыря. Приют был создан для мальчиков-сирот и детей из беднейших семей родителей духовного звания. Приют был посвящен памяти о коронации Их императорских величеств в 1883 году. В приюте обучали и столярному, и переплетному ремеслу, и пению, и игре на скрипке. Отличившимся ученикам вручались подарки. Всем, кто оканчивал училище вручалось святое Евангелие.
В 1890 году численность населения Марфино достигает 340 человек. До 1905 года Марфино входило в состав Второго полицейского Стана Московского уезда. 19 декабря 1905 года Высочайше утвержденным Мнением Государственного Совета Российской Империи Марфино из ведения Московской уездной полиции передается в ведение Московской столичной полиции. В 1906 году на периодической выставке в Москве был выставлен рисунок В. Н. Васильева «Село Каменка» (иногда Марфино именовалось «Каменкой», по названию речки).
С 1917 по 1927 годы Марфино еще продолжает входить в состав Ростокинской, а затем Коммунистической волости Московского уезда. 29 ноября 1927 года Постановлением ВЦИК Марфино включается в состав Москвы.
19 сентября 1999 года район Марфино отпраздновал свое 380-летие. Сегодня Марфино - утопающий в зелени, уютный район. Постоянно здесь живет около 20 000 человек.
